บทบาทหน้าที่สำนักงานสาธารณสุขอำเภอ อาศัย อำนาจตามความในมาตรา 8 ฉ แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน พ.ศ.2534 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ 4) พ.ศ. 2543 รัฐมนตรีว่าการ กระทรวงสาธารณสุขออกกฎกระทรวงไว้ดังต่อไปนี้ ข้อ 21 สำนักงานสาธารณสุขอำเภอ มีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้

                (1) จัดทำแผนยุทธศาสตร์ด้านสุขภาพในเขตพื้นที่อำเภอ

                (2) ดำเนินการและประสานงานเกี่ยวกับงานสาธารณสุขในเขตพื้นที่อำเภอ

                (3) กำกับ ดูแล ประเมินผล และสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานสาธารณสุขในเขต พื้นที่อำเภอ เพื่อให้การปฏิบัติงานเป็นไปตามกฎหมาย มีการบริการสุขภาพที่มีคุณภาพและมีการคุ้มครอง ผู้บริโภคด้านสุขภาพ

                (4)  ส่งเสริม  สนับสนุน และประสานงานเกี่ยวกับงานสาธารณสุขในเขตพื้นที่อำเภอให้ เป็นไปตามนโยบายของกระทรวงสาธารณสุข

                (5)   พัฒนาระบบสารสนเทศ  งานสุขศึกษา  และการสื่อสารสาธารณะด้านสุขภาพ ในเขตพื้นที่อำเภอ

                (6)   ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยอื่นที่เกี่ยวข้องหรือ ที่ได้รับมอบหมาย