อำเภอปะเหลียนเป็นอำเภอซึ่งอยู่ทางใต้สุดของจังหวัดตรัง เดิมขึ้นอยู่กับเมืองพัทลุง เมื่อเจ้าพระยามหานครฯ (น้อย) ส่งบุตรมาปกครองเมืองตรังทางอำเภอปะเหลียนได้มีผู้มาตั้งรกรากถิ่นฐานอยู่เป็นเวลาช้านานแล้ว   เจ้าเมืองพัทลุงจึงส่งกรมการออกมาปกครองเพื่อเป็นการสกัดกั้นเจ้าเมืองนครศรีธรรมราชไว้ แต่ปะเหลียนครั้งกระนั้นประชาชนยังน้อย ไม่เหมาะที่จะยกขึ้นเป็นเมือง มีเจ้าเมืองปกครองอย่างเมืองอื่น ๆดังนั้นตำแหน่งผู้ปกครอง       ปะเหลียนในขณะนั้น  จึงมีฐานะเป็นเพียง “ ผู้จอมใหญ่” คำว่า “จอม” นี้ใช้เฉพาะในท้องที่ที่มีคนไทยอิสลามอยู่กันมาก ซึ่งแปลว่า “ผู้เป็นใหญ่”  ต่อมาเมื่อประชาชนเข้ามาอยู่มากขึ้น จึงได้ยกฐานะขึ้นมาเป็นเมือง เรียกว่า “เมือง ปะเหลียน”หรือ “เมืองเหลียน” เมื่อราว พ.ศ. ๒๓๔๑ เมืองปะเหลียนอยู่ในความปกครองของเมืองพัทลุง ตัวเมืองเดิมตั้งอยู่ที่หมู่ที่ ๓ ตำบล ปะเหลียนปัจจุบัน และเจ้าเมืองปะเหลียนคนสุดท้าย คือ “พระปริยันต์เกตรานุรักษ์”

          ต่อมาประมาณปี พ.ศ. ๒๓๖๖ย้ายไปตั้งที่ทำการเมืองชั่วคราวอยู่ที่หมู่ที่ ๒ตำบลบ้านนาปัจจุบัน และประมาณปี พ.ศ. ๒๔๓๐ ย้ายที่ทำการเมืองปะเหลียนไปตั้งอยู่ที่หมู่ที่ ๑ ตำบลท่าพญาปัจจุบันในราว พ.ศ. ๒๔๓๔  ได้ยุบเมืองเมืองปะเหลียนตั้งเป็นอำเภอเรียกว่า “อำเภอท่าพญา” แล้วขึ้นตรงต่อจังหวัดตรัง ต่อมาย้ายที่ว่าการอำเภอจากท่าพญา  ไปตั้งที่บ้านหยงสตาร์ และเมื่อ พ.ศ. ๒๔๔๐ได้ย้ายที่ว่าการอำเภอจากบ้านหยงสตาร์ ไปตั้งที่ตลาดท่าข้าม หมู่ที่ ๑ ตำบลท่าข้าม จนปัจจุบัน ครั้งหนึ่งอำเภอปะเหลียนได้ชื่อว่า “อำเภอหยงสตาร์” แต่ต่อมาทางราชการได้เปลี่ยนชื่อ กลับมาเป็นอำเภอปะเหลียนตามเดิม ทั้งนี้เพื่อเป็นการรักษาประวัติศาสตร์ของเมืองนี้ ไว้ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๔๘๒ เป็นต้นมา

          คำว่า “ ปะเหลียน” สันนิษฐานว่าเป็นคำเพี้ยนมาจาก ๓ แหล่งกำเนิดด้วยกัน คือจากภาษาโปรตุเกสว่า     “ปาลันด้า”ที่มีความหมายว่า “ดินแดนแห่งทองคำ” อีกความหมายหนึ่งมาจากต้นไม้ยืนต้นชนิดหนึ่งซึ่งเป็นพืชประจำถิ่นในภาคใต้ที่มีอยู่ชุกชุม คือ “ต้นเหรียง”ความหมายสุดท้ายมาจากชื่อของผู้เฒ่าในนิยายปรัมปราของหมู่บ้านในพื้นที่นี้คือ “ปะเหรียญ” ซึ่งต่อมาเรียกว่าอำเภอ “ปะเหลียน” จนถึงปัจจุบัน